西元2015年，从被称为“第二次冲击“的前甩未有的巨大灾害以来已经过了15年的岁月。就在人类奇迹似的复苏面前，称为（第三）”使徙“的谜一般巨大战斗兵器出现了,面对使徙，人类的所有攻击几乎发挥不了任何作用就在使徙与联合国军队的激战中，碇真嗣被其父亲（碇源堂）的部下葛城美里带到第三新东京市的地下。在那里等待着他的,是特务机关“NERV”.泛用人形决战兵器EVANGELION(eva)，还有，他的父亲……面对许久不见的儿子，他所说的话是：“坐上EVANGELION”，真嗣的命运从此开始转变……随着使徙一个接一个